随着我国步入新发展阶段，加强国家创新体系建设的重要性愈加凸显。然而，面对创新发展的新形势和新要求，我国国家创新体系还存在不适应、不完善的地方。
　　对此，贺德方并不避讳，从多个方面指出了尚待补齐的短板。比如，科技创新的统筹协调还不够，科技力量动员组织机制还需进一步完善，资源配置效率等问题还没有根本解决。
　　“国家战略科技力量还不强，创新主体功能定位存在一定交叉重复，科研院所国家使命导向还不够，高校科研组织的体系化水平有待提高。”他直言，企业在创新体系中的主体地位还不突出，鼓励和支持企业开展创新的市场机制需要进一步健全。
　　攻关能力、原始创新能力不足，是国家创新体系建设亟待破解的又一个难题。具体而言，科技支撑国家安全和战略急需的长期积累和应变能力还不够强，基础研究投入总量和结构均存在不足，尚未形成适应部分领域成为“领跑者”、进入“无人区”的机制。
　　“激励科技人才竞相涌现的政策落实还不到位。我国科技人才存在一定结构性矛盾，战略科学家仍然缺乏，青年人才后备军的培养使用措施还不完善。”贺德方坦承，人才评价改革和作风学风建设还需要进一步持续深化。
　　正因此，修订后的科技进步法明确，国家完善高效、协同、开放的国家创新体系，统筹科技创新与制度创新，健全社会主义市场经济条件下新型举国体制……促进各类创新主体紧密合作、创新要素有序流动、创新生态持续优化，提升体系化能力和重点突破能力，增强创新体系整体效能。
　　伴随改革深化和创新趋势，新时期的国家创新体系应具备什么鲜明特质?
　　“要有创新能力突出、形态多样的创新主体，拥有一支可依赖的国家战略科技力量，企业的创新主体地位明确，科研院所坚持国家使命导向，高校原始创新能力强，能够产出有效支撑国家发展的高质量科技成果。”长期研究科技政策法规的贺德方剖析，创新要素高效配置和合理流动亦是关键。全社会研发投入水平较高，政府科研组织效率高，形成多元化的科技投入体系，人才、技术、资金等能够实现跨部门、跨区域有序流动。
　　他还认为，一个高效、协同、开放的国家创新体系中，高质量的科技人才队伍不可或缺，良好的创新生态则是最为深厚的土壤，创新体系也要高度开放。